Die Arbeit der SEZ wird vom Stiftungsrat beaufsichtigt. Der Stiftungsrat legt die Grundsätze für die Arbeit der Stiftung im Rahmen der Aufgaben nach § 2 der Satzung fest und überwacht deren Einhaltung. Die Amtszeit des Stiftungsrats entspricht der Dauer einer Legislaturperiode des Landtags von Baden-Württemberg.